智珠寺坐北朝南，从山门殿至后殿共五层殿宇。山门外有大门及红围墙。山门三间，大式硬山筒瓦大脊，门楣有石额“敕建智珠寺”。钟鼓楼二层，歇山顶，角梁悬铃。天王殿面阔三间，进深五檩。大式硬山顶，筒瓦大脊，上带吻兽和垂兽，额枋饰旋子彩画，三踩单昂斗栱，内为彻上明造，殿两侧有红围墙。殿额为“宝纲光音”。第三层方殿为正殿，面阔、进深均为三间，四周带廊；重檐攒尖顶，上为砖宝顶，五踩单昂斗栱，角梁悬铃，下檐柱带雀替，三踩单昂斗栱，有旋子彩画。第四层大殿面阔五间，大式歇山筒瓦调大脊，旋子彩画，五踩单昂单翘斗栱，角梁悬铃，内为井口天花，明间门楣有额为“现清净身”，故此殿又叫“净身殿”。后殿面阔五间，大式硬山筒瓦大脊，上带吻兽及垂兽，旋子彩画，带雀替，无斗栱。
智珠寺的山门殿、天王殿、正殿及东西配殿、大殿及东西配殿、后殿及东配房尚存，其余配殿、配房等均拆除或改建。
智珠寺位于嵩祝寺之西侧，与嵩祝寺共同公布为一个北京市文物保护单位。据清乾隆十五年所绘《京城全图》，该地当时尚为一片民宅，而成书于乾隆三十九至五十年之《日下旧闻考》则有“智珠寺在嵩祝寺西”的记载，可见此寺建于乾隆十六至三十九年（1751-1774年）间。
智珠寺位于北京景山街道的北河沿大街77号。
